条例共分六章六十三条，分别为总则、进口商品的检验、出口商品的检验、监督管理、法律责任、附则。条例自２００５年１２月１日起施行。１９９２年１０月７日国务院批准、１９９２年１０月２３日原国家进出口商品检验局发布的《中华人民共和国进出口商品检验法实施条例》同时废止。
条例规定，国家质检总局应当依照《中华人民共和国进出口商品检验法》（以下简称商检法）第四条规定，制定、调整必须实施检验的进出口商品目录并公布实施。目录应当至少在实施之日３０日前公布；在紧急情况下，应当不迟于实施之日公布。
条例规定，国家质检总局建立进出口商品风险预警机制，通过收集进出口商品检验方面的信息，进行风险评估，确定风险的类型，采取相应的风险预警措施及快速反应措施。质检总局和出入境检验检疫机构应当及时向有关方面提供进出商品检验方面的信息。
条例规定，除法律、行政法规另有规定外，法定检验的进口商品经检验，涉及人身财产安全、健康、环境保护项目不合格的，由出入境检验检疫机构责令当事人销毁，或者出具退货处理通知单并书面告知海关，海关凭退货处理通知单办理退运手续；其他项目不合格的，可以在出入境检验检疫机构的监督下进行技术处理，经重新检验合格的，方可销售或者使用。出入境检验检疫机构对检验不合格的进口成套设备及其材料，签发不准安装使用通知书。经技术处理，并经出入境检验检疫机构重新检验合格的，方可安装使用。
条例规定，国家对进出口食品生产企业实施卫生注册登记管理。获得卫生注册登记的出口食品生产企业，方可生产、加工、储存出口食品。获得卫生注册登记的进出口食品生产企业生产的食品，方可进口或者出口。
条例规定，出入境检验检疫机构对进出保税区、出口加工区等海关特殊监管区域的货物以及边境小额贸易进出口商品的检验管理，由国家质检总局商海关总署另行制定办法。
