修改后的《条例》规定，棉花经营者从事棉花加工经营活动，应当按照国家有关规定取得资格认定。棉花经营者收购棉花，不按照国家标准和技术规范排除异性纤维和其他有害物质后确定所收购棉花的类别、等级、数量，或者对所收购的超出国家规定水分标准的棉花不进行技术处理，或者对所收购的棉花不分类别、等级置放的，由棉花质量监督机构责令改正，可以处３万元以下的罚款。
修改后的《条例》规定，国家实行棉花质量公证检验制度。棉花经营者向用棉企业销售棉花，交易任何一方在棉花交易结算前，可以委托专业纤维检验机构对所交易的棉花进行公证检验；经公证检验后，由专业纤维检验机构出具棉花质量公证检验证书，作为棉花质量、数量的依据。
《国务院关于修改〈棉花质量监督管理条例〉的决定》自公布之日起施行。修改后的《条例》共五章，分别为总则、棉花质量义务、棉花质量监督、罚则、附则，共计三十九条。
