南共市自1995年成立以来，内部的分歧和争端一直没有间断过。其中以巴西和阿根廷两个主要成员国之间的矛盾最为突出，矛盾的焦点集中在双边的贸易纠纷上。期间发生的主要纠纷是：
1997－1998年期间，阿根廷指责巴西的猪肉和鸡肉“入侵”阿根廷。
1998年，巴西为了保护本国生产者的利益，将从阿根廷进口的乳制品关税由27％提高至33％；2001年又因认定阿根廷的奶制品存在倾销行为而采取价格承诺的贸易保护措施，实施期限为3年，于2004年2月16日到期；同案涉及的还有另一成员国乌拉圭。2004年2月底，巴西做出决定，继续延长同阿根廷签订的奶制品价格承诺协议的执行期限，而且没有明确延长的时间。根据协议，阿根廷出口到巴西的半脱脂或全脂奶粉的最低承诺价格为每吨1900美元。
1999年，在巴西货币雷亚尔贬值、阿根廷开始出现经济危机时，阿根廷政府指责巴西趁火打劫，是南共市的“叛徒”。
2004年1月，在阿根廷威胁对巴西进口的纺织品采取进口限制措施后，两国企业界经协商就纺织品贸易问题达成协议。巴西承诺向阿根廷出口的纺织品数量在2003年出口数量的基础上减少25%，同时约定，阿根廷对巴西的纺织品进口实行非自动许可制度。巴西和阿根廷的纺织品贸易战已历时两年，阿根廷指责巴西纺织品在2001年至2003年期间的进口量增加了60%，对阿根廷的纺织品工业和45万纺织工人的就业问题构成威胁。协议涉及的纺织品有：棉纱线、聚丙烯纺织纤维、粗斜纹布、聚酯纱线、地毯。阿根廷纺织工业的年产值为90亿美元，约占国内生产总值（2686亿美元）比重的3.4%；巴西此项的比重约为4.6%（230亿美元/5025亿美元）。
2004年7月，巴西和阿根廷开始家电大战，产品包括电视机、燃气炉具、洗衣机和冰箱。其中，阿根廷对从巴西进口的燃气炉具已从2005年开始采取配额限制，其余产品仍处在协商过程中。
2005年5月，巴西葡萄酒生产行业指责阿根廷的葡萄酒入侵巴西市场，由1996年的60万升增加至2004年1120万升，占巴西市场消费量的17％，预测2005年的进口量为2100万升。巴西行业组织请阿根廷政府对葡萄酒的出口采取约束措施，提出的要求是：价格在15－40美元一箱（12瓶、每瓶750毫升）的中、低挡葡萄酒的最多进口量为600万升；禁止每箱低于15美元的产品进口；高于40美元的不受数量限制。
2005年12月27日，巴西和阿根廷就推迟执行两国汽车自由贸易协议达成初步谅解，并商定在今后的60天内继续讨论确定实施汽车贸易自由的时间表。按照2001年达成的协议，在2005年12月31日以前，巴西每进口阿根廷100美元的汽车及零配件产品，可允许向阿根廷出口价值260美元的同类产品，被称为贸易弹性的比例为1：2.6，在此条件下，双方均享受零关税待遇；从2006年1月1日开始实施汽车自由贸易。阿根廷认为两国实施汽车自由贸易的时机尚未成熟，主张继续执行弹性贸易，而且提出更改弹性比例；巴西对此表示接受，提出自由贸易可以从2008年开始。巴西与阿根廷曾签订过两个汽车贸易协议，第一个协议的有效期是1995年－1999年，第二个是2001年－2005年。
2005年12月27日阿根廷政府做出决定，认为巴西和乌拉圭的陶瓷卫生洁具存在倾销行为，对从巴西进口的坐便器、洗面盆、坐浴盆等产品征收20％－147.4％不等的反倾销税，对从乌拉圭进口的类似产品征收76.25％－84.37％不等的反倾销税，反倾销措施的实施期限为3年。
2006年2月1日，巴西与阿根廷经过数月的紧张谈判后，就“竞争适应机制（MAC）”达成协议。这项协议旨在防止一国的产品大量进口到另一国而对相关产业造成威胁。该机制包含的要点是：1、是为保护本国工业而设立的一项保障措施；2、在进口大幅增长的前提下，受损害行业可提出实施“竞争适应机制”；3、实施的方式是确定进口配额，实施期为三年，可延长一年；4、对超过配额数量的部分，在共同对外关税税率的基础上减收10％计收额外附加税；5、实施“竞争适应机制”措施的调查期限为300天，期间可采取临时保障措施；6、在机制实施期间，受损害行业应采取“竞争适应计划”以提高其竞争力。
协议达成以后，阿根廷认为是在巴、阿贸易战中赢得了一场胜利，巴西企业界则指责政府是一种妥协行为，并向政府施压要求对从阿根廷进口的葡萄酒、大米、小麦、葱头、大蒜等同样利用“竞争适应机制”实施限制措施。巴西和阿根廷两国今后的贸易前景还很难预测。
巴西和阿根廷一直互为重要贸易伙伴。从1995年南共市成立以来直至2003年，巴方始终是逆差，2004年和2005年才开始转为顺差，并成为巴西的第二大出口目的地。近两年两国的贸易情况是：（单位：美元）
